1. 数据集名称:

cBioPortal for Cancer Genomics (cBioPortal)

2. 数据集基本情况:

• 项目背景:

– cBioPortal for Cancer Genomics 数据库最初是由纪念斯隆凯特琳癌症中心 （MSK） 开发的。现在由一个多机构团队开发和维护，该团队包括 MSK、Dana Farber 癌症研究所、多伦多玛格丽特公主癌症中心、费城儿童医院、Caris Life Sciences、荷兰的 The Hyve 和 SE4BIO 以及土耳其安卡拉的比尔肯特大学。

– cBioPortal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具，帮助癌症组织和细胞学研究者获得分子学数据。

– cBioPortal根据数据的内容提供了34个不同主题的数据集，如：PanCancer Studies、Pediatric Cancer Studies、Immunogenomic Studies、Cell Lines等。

– 数据年份跨度：2008-至今

• 样本量:

– cBioPortal 数据来源和分析选项来源于多个网站，整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)和ICGC(International Cancer Genome Consortium)等大型的肿瘤研究项目，涵盖了两万八千例标本的数据，此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。

• 特点：

– 无需注册，直接使用

– cBioPortal数据库还支持生物通路探索、生存分析、基因组改变之间的互斥性分析、选择性数据下载、程序化访问和出版质量摘要可视化。

– 该网站促进多维度癌症基因集数据的探索，允许跨基因、样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式并比较多癌症研究中基因改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。

3. 数据申请网站:

• https://www.cbioportal.org

4. 网页介绍及使用流程:

• 在左侧蓝框处选择实验癌症组织类型，而后在中间选择具体研究对象并点击下方”Query By Gene”显示数据详情，”Explore Selected Studies”直接下载原始数据。

• 选择需要分析的数据类型，样本及基因，若网站报了错“Invalid gene symbols”，应注意，基因是否有别名，最后，点击“Submit Query”即可开始分析

• 结果展示：

cBioPortal包含了多组学研究中能够实现的所有分析功能，包括OncoPrint（基因突变图谱）、Cancer Types Summary（泛癌种基因突变汇总）、Plots（分析拷贝数变异与基因突变或者基因表达的相关性）、Mutations（基因突变列表、功能及蛋白3D结构）、Co-expression（基因共表达分析）、Enrichments（基因突变互作/互斥分析）、Survival（生存分析）、CN Segments（拷贝数分析）、Network（共表达网络）等多种分析结果。点击不同的模块，即可查看各种分析的结果，并且还能根据需要进行一定程度的个性化调整。

– OncoPrint（基因突变图谱）

– Plot