1. 数据集名称:

人类代谢组数据库(The Human Metabolome Database, HMDB)

2. 数据集基本情况:

•项目背景:

–人类代谢组数据库(HMDB) 是一个免费提供的电子数据库，包含有关人体内发现的小分子代谢物的详细信息。它旨在用于代谢组学、临床化学、生物标志物发现和普通教育领域的应用。该数据库被设计为包含或链接三种数据：1) 化学数据，2) 临床数据，以及3) 分子生物学/生物化学数据。

–数据库：https://hmdb.ca/

•项目样本量:

–代谢物数量：220945 个

–蛋白质序列：8610个

•其他重要信息:

–该数据库包含220,945 个代谢物，包括水溶性和脂溶性代谢物。此外，8,610 个蛋白质序列（酶和转运蛋白）与这些代谢物条目相关。许多数据字段都与其他数据库（KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt和GenBank）超链接。

–序列搜索允许用户对HMDB 中包含的超过8,299 个基因和蛋白质序列进行BLAST 序列搜索。支持单序列和多序列BLAST 查询

–另外四个数据库DrugBank、T3DB、SMPDB和FooDB也是HMDB 数据库套件的一部分。DrugBank包含约2832 种药物和800 种药物代谢物的同等信息，T3DB包含约3670 种常见毒素和环境污染物的信息，SMPDB包含约132,335 种人类代谢、药物和疾病途径以及约60,628 种其他生物体途径的途径图，而FooDB包含约70,000 种食品成分和食品添加剂的同等信息。

3. 适用任务:

•代谢组学分析和生物标志物发现

4. 在线地址:

•https://hmdb.ca/

5. 文献出处:

•该数据库的构建说明：Wishart DS, Tzur D, Knox C, et al., HMDB: the Human Metabolome Database. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D521-6. 17202168Wishart DS, Knox C, Guo AC, et al., HMDB: a knowledgebase for the human metabolome. Nucleic Acids Res. 2009 37(Database issue):D603-610. 18953024 Wishart DS, Jewison T, Guo AC, Wilson M, Knox C, et al., HMDB 3.0 —The Human Metabolome Database in 2013. Nucleic Acids Res. 2013. Jan 1;41(D1):D801-7. 23161693 Wishart DS, Feunang YD, Marcu A, Guo AC, Liang K, et al., HMDB 4.0 —The Human Metabolome Database for 2018. Nucleic Acids Res. 2018. Jan 4;46(D1):D608-17. 29140435 Wishart DS, Guo AC, Oler E, et al., HMDB 5.0: the Human Metabolome Database for 2022. Nucleic Acids Res. 2022. Jan 7;50(D1):D622–31. 34986597

•引用该数据库的权威文献：Pang, Z., Zhou, G., Ewald, J. et al. Using MetaboAnalyst 5.0 for LC–HRMS spectra processing, multi-omics integration and covariate adjustment of global metabolomics data. Nat Protoc 17, 1735–1761 (2022). https://doi.org/10.1038/s41596-022-00710-w