开放全基因组关联研究(Integrative Epidemiology Unit (IEU) open GWAS project)

发布时间:2023-12-22浏览量:

1. 数据集名称:

开放全基因组关联研究(Integrative Epidemiology Unit(IEU) open GWAS project)

2. 数据集基本情况:

•项目背景:

–OpenGWAS 项目是布里斯托大学MRC 综合流行病学单位(IEU) 开发的在线资源。数据库包含来自超过40,000 个GWAS (全基因组关联研究)摘要数据集的超过200,000,000,000个遗传关联,涵盖广泛的人类疾病和特征,用户可以通过搜索功能进行导航。

–数据库:https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/

•项目样本量:

–GWAS摘要数据集: 超过40,000个

–遗传关联: 超过200,000,000,000个

•其他重要信息:

–Research IT 开发OpenGWAS数据库网站,该网站提供对VCF文件的访问以及通过OpenGWAS API提供的GWAS 元数据摘要。研究IT 还为IEU 集团的各种服务器、虚拟机、Kubernetes 集群和应用程序提供系统管理员支持,包括Puppet 配置管理,以提供稳定性和更好的灾难恢复配置。

–OpenGWAS网站使用Django 框架生成,并由MySQL数据库支持。数据存储在专用的基于could的集群中,并使用ElasticSearch进行查询,元数据存储在Neo4j数据库中。

3. 适用任务:

•孟德尔随机化应用及其方法学开发(基于基因分析的流行病学因果证据)

4. 在线地址:

https://wiki.cancerimagingarchive.net/pages/viewpage.action?pageId='1966254#1966254664661b500be4a23bbc7f096b7e1832f

5. 文献出处:

•该数据库的构建说明:https://www.bristol.ac.uk/research-it/examples-of-work/ieu-open-gwas-project-/

•引用该数据库的权威文献:Said, S., Pazoki, R., Karhunen, V. et al. Genetic analysis of over half a million people characterises C-reactive protein loci. Nat Commun 13, 2198 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-29650-5